सुल्तान कुतुब-उद-दीन ऐबक के समय में, मंगोल, भारत के पूर्व में प्रकट हुए और चंगेज खान (1165-1227) के नेतृत्व में एक महान शक्ति के रूप में उभरे। उनका जन्म 1165 में येसुगेई और होएलुन के घर हुआ था। उनके पिता को टाटर्स द्वारा जहर देकर मार दिए जाने के बाद उनकी सबसे सक्षम मां होएलुन ने उनका पालन-पोषण किया था। अपने निरंतर युद्धों में, उन्होंने वीरता और कूटनीति के ऐसे उल्लेखनीय गुणों का प्रदर्शन किया जिसके कारण उन्होंने मंगोलिया की संपूर्ण सामाजिक और सैन्य संरचना को बदल दिया।
मंगोल सैनिकों के पास सख्त अनुशासन संहिता थी और नियमों के उल्लंघन के लिए कठोर दंड थे। मंगोल
सेना को 10, 100, 1,000 और 10,000 सैनिकों की इकाइयों में विभाजित किया गया था (जिन्हें क्रमशः अरबन, जगुन, मिंगन और टुमेन के रूप में जाना जाता है; बाद वाला एक आधुनिक रेजिमेंट से मेल खाता है)।
इस प्रणाली के तहत विभिन्न जनजातियों के सेनानियों को एकीकृत सैन्य संरचनाओं में एकजुट किया गया था, जिनकी मुख्य रणनीति “विभाजित होकर मार्च करना, एकजुट होकर हमला करना” थी और इस्तेमाल की जाने वाली रणनीतियाँ बड़े पैमाने पर झड़प वाले युद्धाभ्यासों पर आधारित थीं, जिससे मंगोलों को संख्यात्मक रूप से बेहतर लेकिन खंडित सेनाओं को हराने में मदद मिली। ऑक्सस से वोल्गा तक।
जलाल-उद-दीन ख्वारज़म शाह (ख्वारज़मियन राजवंश के शासक) का पीछा करते हुए, चंगेज खान ने अफगानिस्तान और आजकल पाकिस्तान के कुछ हिस्सों पर हमला कर दिया। प्रारंभ में, जलाल-उद-दीन ने अफगान लड़ाकों की मदद से अग्रिम मंगोल सेना को हराया। हालाँकि चंगेज खान के आने के बाद, जलाल-उद-दीन ने गजनी छोड़ दिया और दिल्ली सल्तनत के क्षेत्रों में प्रवेश किया और सिंधु नदी के पश्चिमी तट पर डेरा डाला। दिसंबर 1221 ई. में जब वह सिंधु जल पार करके भाग रहा था, तब चंगेज खान ने उसका पीछा किया और उसकी सेना को कुचल दिया। उन्हें दिल्ली के सुल्तान ने शरण दी थी। गर्मी के कारण चंगेज खान वापस चला गया। लेकिन वापस लौटते समय उसने वर्तमान पंजाब, अफगान सीमा क्षेत्र, गजनी और हेरात को तबाह कर दिया।
1235 में मंगोल सेना ने कश्मीर पर आक्रमण किया और वहां कई वर्षों तक दारुघाची (प्रशासनिक गवर्नर) को तैनात रखा और कश्मीर मंगोलियाई निर्भरता बन गया।
1285 ई. में मंगोलों ने मुल्तान पर आक्रमण किया और राजकुमार मुहम्मद खान को मार डाला।
अलाउद्दीन खिलजी के शासनकाल के दौरान मंगोलों ने कई बार देश पर आक्रमण किया लेकिन उन्हें सफलतापूर्वक खदेड़ दिया गया। इन आक्रमणों से अलाउद्दीन खिलजी ने अपनी सशस्त्र सेनाओं को मजबूत और संगठित करके खुद को तैयार रखने का सबक सीखा।
1398 ई. में मंगोल शासक तैमूर के आक्रमण ने तुगलक वंश के भाग्य पर मुहर लगा दी। मुहम्मद भाग गए और तैमूर ने शहर पर कब्ज़ा कर लिया और उत्तर भारत में कई मंदिरों को नष्ट कर दिया। हजारों लोग मारे गए और दिल्ली को पंद्रह दिनों तक लूटा गया, तैमूर अपने साथ बड़ी मात्रा में धन लेकर समरखंड लौट आया।
